Cải tiến clustalw cho bài toán sắp hàng đa trình tự

Trang nhan đề Tóm tắt đề tài Mục lục Danh mục kí hiệu, chữ viết tắt Danh mục bảng Danh mục hình vẽ Danh mục đồ thị Chương_1: Tổng quan Chương_2: Thuật toán quy hoạch động và lũy tiến toàn cực Chương_3: Chương trình CMSA Chương_4: Kết quả thực nghiệm Chương_5: Kết luận Tài liệu tham khảo MỤC LỤC NHẬN XÉT CỦA CÁN BỘ PHẢN BIỆN . . . 2 TÓM TẮT ĐỀ TÀI . . . 3 MỤC LỤC . . . . . 4 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT . . 6 DANH MỤC CÁC BẢNG . . 7 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ . . . 8 DANH MỤC CÁC ĐỒ THN . . . 10 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN . . . 11 1.1 GIỚI THIỆU . . . . 11 1.2 SẮP HÀNG TRÌNH TỰ . . 13 1.2.1 Định nghĩa . . . 13 1.2.2 Phân loại . . . . 14 1.2.3 Sắp hàng từng cặp (Pairwise Sequence Alignment-PSA) . 14 1.2.4 Sắp hàng đa trình tự (Multiple Sequence Alignment-MSA) . 15 1.2.5 Các khái niệm khác . . . 16 1.2.5.1 Trình tự: . . . 16 1.2.5.2 GAP . . . 16 1.2.5.3 Giá trị của GAP . . 17 1.2.5.4 Ma trận đánh giá . . 18 1.2.5.5 Phương pháp đánh giá (score method): . 21 1.3 MỘT SỐ PHƯƠNG PHÁP SẮP HÀNG TRÌNH TỰ 22 1.3.1 Phương pháp sắp hàng chính xác (Exact algorithms) . 22 1.3.2 Phương pháp sắp hàng lũy tiến toàn cục (Progressive algorithms) 22 Trang 5 1.3.3 Phương pháp sắp hàng lặp (Iterative algorithms) 23 1.3.4 Phương pháp dựa trên mô hình Makov Nn (Hidden Markov Model- HMM) . . . . . 23 CHƯƠNG 2: THUẬT TOÁN QUI HOẠCH ĐỘNG VÀ LŨY TIẾN TOÀN CỤC . . . . 25 2.1 THUẬT TOÁN QUI HOẠCH ĐỘNG . . 25 2.2 GIẢI BÀI TOÁN PSA BẰNG THUẬT TOÁN QUI HOẠCH ĐỘNG 25 2.3 THUẬT TOÁN LŨY TIẾN TOÀN CỤC: . . 28 CHƯƠNG 3: CHƯƠNG TRÌNH CMSA . . . 31 3.1 PHẦN MỀM CLUSTALW . . . 31 3.1.1 Giới thiệu phần mềm ClustalW . . . 31 3.2.2 Nhận xét clustalW . . 35 3.2 CẢI TIẾN CLUSTALW . . 36 3.3 CHƯƠNG TRÌNH CMSA . . 37 CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ THỰC NGHIỆM . . 44 4.1 DỮ LIỆU KIỂM TRA . . 44 4.2 KIỂM THỬ CÂY HƯỚNG DẪN . . . 46 4.3 KIỂM THỬ KẾT QUẢ VỚI BALIBASE . . 55 CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN . . 64 5.1 KẾT LUẬN . . . . 64 5.2 HƯỚNG Phát triển . . . 65 TÀI LIỆU THAM KHẢO . . . 66

TÀI LIỆU LUẬN VĂN CÙNG DANH MỤC

TIN KHUYẾN MÃI

  • Thư viện tài liệu Phong Phú

    Hỗ trợ download nhiều Website

  • Nạp thẻ & Download nhanh

    Hỗ trợ nạp thẻ qua Momo & Zalo Pay

  • Nhận nhiều khuyến mãi

    Khi đăng ký & nạp thẻ ngay Hôm Nay

NẠP THẺ NGAY