Bước đầu hoàn thiện phương pháp và nghiên cứu sự đa dạng di truyền cây mắm trắng tại khu dự trữ sinh quyển rừng ngập mặn cần giờ bằng kỹ thuật rapd

MỤC LỤC ĐỀ MỤC TRANG LỜI CẢM TẠ iii TÓM TẮT KHÓA LUẬN .iv SUMMARY v MỤC LỤC vi DANH SÁCH CÁC BẢNG .ix DANH SÁCH CÁC HÌNH .x DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT xi Phần 1. GIỚI THIỆU 1 1.1. Đặt vấn đề .1 1.2. Mục đích .2 1.3. Yêu cầu .2 1.4. Giới hạn của đề tài .2 Phần 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3 2.1. Giới thiệu về khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ 3 2.1.1. Đặc điểm tự nhiên 3 2.1.2. Cấu trúc 6 2.1.3. Các tiềm năng của rừng ngập mặn Cần Giờ 7 2.1.4. Vai trò của khu dự trữ sinh quyển 9 2.1.5. Các nguy cơ đe dọa đối với rừng ngập mặn Cần Giờ 9 2.2. Giới thiệu về cây mắm trắng (Avicennia alba) .10 2.2.1. Vùng phân bố .10 2.2.2. Hình thái học cây mắm trắng .11 2.2.3. Giá trị kinh tế của cây mắm trắng 13 2.2.4. Những hiện trạng cây mắm trắng tại rừng ngập mặn Cần Giờ .13 2.2.5. Những nghiên cứu khoa học về cây mắm trắng 14 2.3. Khái niệm về đa dạng di truyền .14 2.3.1. Đa dạng sinh học 14 2.3.2. Ý nghĩa và tầm quan trọng của đa dạng sinh học 14 2.3.3. Các phân mức về đa dạng sinh học 15 2.3.3.1. Đa dạng hệ sinh thái .15 2.3.3.2. Đa dạng loài .15 2.3.3.3. Đa dạng di truyền .16 2.3.4 Hiện trạng đa dạng sinh học ở Việt Nam 17 2.4. Phương pháp chiết tách DNA thực vật .18 2.5. Polymerase Chain Reaction (PCR) 19 2.5.1 Khái niệm 19 2.5.2. Thành phần và vai trò của các chất trong phản ứng PCR 19 2.5.3. Nguyên tắc của phản ứng PCR 20 2.5.4. Ứng dụng của kỹ thuật PCR 21 2.5.5. ưu và nhược điểm của kỹ thuật PCR .21 2.6. Các chỉ thị phân tử dùng trong nghiên cứu tính đa dạng di truyền 22 2.6.1. Nhóm không dựa trên PCR RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 22 2.6.2. Nhóm dựa trên PCR 23 2.6.2.1. SSCP (Single – Strand Conformation Polymorphism) .23 2.6.2.2. Microsatellite (SSR: Simple Sequence Repeat) 24 2.6.2.3. AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) .25 2.6.2.4. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) 30 Phần 3. VẬT LIỆU VÀ PHưƠNG PHÁP THÍ NGHIỆM .33 3.1. Thời gian và địa điểm tiến hành .33 3.1.1. Thời gian tiến hành .33 3.1.2. Địa điểm 33 3.2. Vật liệu nghiên cứu 33 3.2.1. Mẫu thực vật 33 3.2.2. Hóa chất thí nghiệm 34 3.2.2.1. Hóa chất dùng trong ly trích DNA .34 3.2.2.2. Hóa chất dùng trong kiểm tra DNA .35 3.2.2.3. Hóa chất dùng để thực hiện phản ứng RAPD 36 3.2.3. Dụng cụ và thiết bị thí nghiệm 36 3.3. Phương pháp nghiên cứu 37 3.3.1. Phương pháp ly trích DNA .37 3.3.2. Kiểm tra DNA ly trích 39 3.3.2.1. Kiểm tra định tính DNA bằng phương pháp điện di trên gel 39 3.3.2.2. Kiểm tra định lượng DNA bằng quang phổ kế 39 3.3.3. Thực hiện kỹ thuật RAPD .40 3.3.4. Phân tích số liệu trên phần mềm NTSYSpc2.1 . 42 Phần 4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .43 4.1. Kết quả thu thập mẫu mắm trắng tại khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ .43 4.2. Kết quả quá trình bảo quản mẫu 44 4.3. Kết quả quá trình ly trích DNA tổng số .44 4.4. Kết quả quá trình thực hiện phản ứng RAPD 47 4.4.1. Kết quả thí nghiệm 1 .47 4.4.2. Kết quả thí nghiệm 2 .50 4.5. Đánh giá sơ bộ mức độ đa dạng di truyền cây mắm trắng tại khu dự trữ sinh quyển Cần Giờ 50 Phần 5. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 54 5.1. Kết luận 54 5.2. Đề nghị .55 TÀI LIỆU THAM KHẢO .56 PHỤ LỤC